Xã Vân Tùng có vị trí địa lý:

• Phía bắc giáp xã Cốc Đán và xã Thượng Ân
• Phía đông giáp xã Đức Vân và xã Thượng Quan
• Phía nam giáp xã Thượng Quan và thị trấn Nà Phặc
• Phía tây giáp thị trấn Nà Phặc và các xã Trung Hòa, Cốc Đán.

Huyện lỵ của huyện Ngân Sơn đặt tại xã Vân Tùng.

Xã Vân Tùng có diện tích 50,76 km², dân số năm 2019 là 3.734 người,[1] mật độ dân số đạt 74 người/km².

Vân Tùng có tuyến quốc lộ 3 chạy qua địa bàn theo chiều tây - đông, trên tuyến có cầu Ngân Sơn. Ngoài ra, xã cũng có tuyến đường liên xã đi về phía nam nối với quốc lộ 279 tại xã Thuần Mang. Vân Tùng nằm tại thượng nguồn của sông Ngân Sơn, các dòng suối chảy trên địa bàn gồm có suối Đông Piêu, suối Bản Phiêu, suối Lốc Lù, suối Cốc Lùng.